产量比较大的淀粉厂在生产过程中会产生很多加工废弃物，比如薯渣、加工废水。以前人们对于环保绿色加工的认识概念不够深刻清晰，许多淀粉加工厂都是随地弃置，废水排放到河里，对生态环境、水域河流造成了污染。

近年来环保政策的严格实施和，对于许多淀粉加工厂或者准备办厂的人来说，不仅是申请办厂资格管制变得严格，对于那些不按照排放标准随便处理废水污染河流的行为也有更加严厉的处罚。

淀粉加工时，废水的主要来源是原料清洗工序和粉浆洗涤过滤工序。淀粉加工废水的主要成份是植物性有机物(有机酸和碳糖类物质)，但含量较低，此类物质会对水体造成低氧量污染，虽无毒害，但仍不建议直接排放到河。

厂区附近建立几个串联的方形沉淀池，引导流出的淀粉废水在池中先进行氧化，使固形物沉淀下来，再通过化学或物理方法处理，然后可以再利用。池中的沉淀物质及时清理，可以晒干后当作农肥。