超滤设备经过一段时间的运行之后，有必要对超滤膜进行清洗。清洗通常包括反洗、快冲及化学清洗，有时根据需要还可进行加药反洗。这些步骤的组合应根据实际情况决定，不同水质、水量及设备情况下，其清洗程序会有所不同。

1.超滤膜反洗程序

这是中空纤维膜超滤所特有的非常有效的手段。其他型式的膜在反洗时会脱层或分解，在此程序中加压的透过液从产水口透过膜支撑体、膜体而进入原水进/出口，水流方向与生产时相反，故称为反洗;上下原水口可交错排液，超滤产水水质的水可用于反洗;由反洗水带起的悬浮物将会聚集在支撑结构内，随后不断释放出颗粒、细菌及TOC等，故原水不适合作反洗水。

根据原水水质的不同和污染情况的不同，反洗时可能要考虑加药。如针对微生物活性较强的水可采用加氯反洗;反洗通量开始时较低而随着超滤膜的清洁而慢慢升高。建议反洗泵加变频装置，以适应在一定的压力下膜件尽快在建议的最高水通量下反洗来达到最该反洗效率。

2.超滤膜快冲程序

快冲的主要目的是把反洗下来的大量污染物冲出膜件和系统，所以快冲程序一般伴随着反洗程序。快冲过程中，产水口是关闭的，因此对一半的超滤膜会同时有反洗的效果，这是由进出口压差造成的，交错方向的快冲会使清洗更为有效。

3.超滤膜化学清洗

当通过反洗和快冲不能恢复超滤膜的通量时，必须要通过化学清洗来恢复超滤膜的清洁。化学清洗系统通常由清洗泵、清洗箱及相应的管路组成。清洗药剂在膜件内高速流动以清除污垢，化学清洗过程中可由一步或几步来完成(碱洗，碱加氯洗，酸洗)，根据污染情况的不同来确定清洗的步骤。