卫生院医疗机构污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂，以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒，如蛔虫卵、肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。此外，在设有同位素诊疗室的医疗机构污水中还含雷226、磷、金198、碘131等放射性物质。与工业污水和生活污水相比，它具有水量小，污染力强的特点。如果任其排放，必然会污染水源，传播疾病，将不可避免地污染水源，危害周边地区人民群众健康。

卫生院污水处理设备工艺中，污水先进入调节池进行均匀水质水量，经提升泵提升至水解酸化池，水解酸化池内进行厌氧反硝化，降低污水中氨氮。污水由水解酸化池推流至一、二级生物接触氧化池进行好氧曝气，微生物在此分解有机物降低COD，同时污水中的硝化菌对污水进行消化处理，部分混合液回流至水解酸化池内反硝化。

接触氧化池出水进入沉淀池，进行泥水沉淀分离，上清液推流至接触消毒池，池内经二氧化氯消毒达标排放。污泥定时排放至污泥池，上清液回流至水解酸化池，剩余污泥定期由抽粪车运送至无害化处理中心进行无害化处理。

卫生院污水处理设备A/O工艺是由厌氧和好氧两部分反应组成的污水生物处理系统。污水经A段后再进入O段有机物在好氧段被好氧微生物氧化分解。氨氮在有氧条件下通过硝化作用转化为硝态氮，再通过混合液回流进入缺氧段在有炭源条件下，进行前置反硝化，使硝态氮转化为分子态氮而逸入空气中，从而使氨氮得到有效的去除，A/O工艺还具有很好的除磷功能。

污水进入A池后，与回流污泥混合。活性污泥中的聚磷菌在这一过程中大量吸收污水中的BOD，并将污泥中的磷以正磷酸盐的形式释放到混合液中。混合液进入好氧池后，有机物被氧化分解，同时聚磷菌大量吸收混合液中的磷酸盐到污泥中。由于聚磷菌在好氧条件下吸收的磷多于厌氧条件下释放的磷，污水经过“厌氧一好氧”的交替作用和二沉池的污泥分离达到除磷的目的。